由于迦南统治者对三角洲东部和孟菲斯地区的入侵，导致了第十三王朝在法老梅尔内费尔·阿伊（Merneferre Ay ）统治期间将都城迁至遥远的南方底比斯。这一迁移也标志着中王国的结束和第二中间期的开始。
古埃及第二中间期的时间范围为公元前1668年至公元前1550年，介于中王国末期和新王国初期之间。第二中间期的概念通常包括第十四王朝至第十七王朝。这段时期最广为人知的是西亚的喜克索斯人（Hyksos）建立了第十五王朝，并以阿瓦里斯（ Avaris）为统治中心。根据曼涅托的《埃及史》，阿瓦里斯是由一位名叫萨利提斯（Salitis）的国王建立的。
与埃及第一中间期类似，第二中间期是一个充满活力的时期，埃及的统治权大致被上埃及和下埃及两个相互竞争的权力中心瓜分，每个权力中心控制着一部分土地。
第十三王朝无力维持对埃及全境的统治，位于尼罗河三角洲的一个地方统治家族脱离中央政权，建立了第十四王朝（约公元前1700-1650年）。第十四王朝共有七十六位国王，其宫廷位于索伊斯（Xois），即今天的萨哈（Sakha），第十四王朝直接控制的领土大致包括尼罗河三角洲，其边界位于三角洲西部的阿特里比斯（Athribis）附近和东部的布巴斯提斯（Bubastis）附近。根据第十四王朝前五位统治者的名字，通常认为他们或许是迦南（闪米特）人后裔。第十四王朝早期取得了巨大成功，但与第十三王朝后期一样，统治者更迭频繁。第十四王朝最终被喜克索斯人推翻。
喜克索斯人在埃及建立了他们自己的王朝，即第十五王朝（约公元前1650年至1550年）。第十五王朝的第一位国王萨利提斯（Salitis）被描述为喜克索斯人（根据阿弗里卡努斯的记载，其名称为ḥḳꜣw-ḫꜣswt，意为“牧羊人”），他率领族人占领了尼罗河三角洲地区，并将都城定在阿瓦里斯（Avaris）。据马内托（Manetho）记载，萨利提斯被认为征服了整个埃及，但更有可能的是，他的统治范围仅限于下埃及。萨利提斯可能与一位鲜为人知的国王沙雷克（Sharek）相对应，甚至可能与第二中间期记载最多的统治者舍希（Sheshi）相对应。都灵王表显示，共有六位喜克索斯国王，其中一位名不见经传的国王哈穆迪（Khamudi）被列为第十五王朝的最后一位国王。
阿拜多斯王朝（约公元前1640年至1620年）可能是古埃及第二中间期统治上埃及部分地区的一个短暂的地方王朝，与第十五和第十六王朝同时期。阿拜多斯王朝规模较小，仅统治阿拜多斯或提尼斯地区。由于阿拜多斯王朝存在时间极短，我们对它知之甚少，尽管我们在都灵王表中发现了一些国王的名字，但在其他任何文献中都没有找到。该王朝暂定包括四位统治者：韦普瓦韦特姆萨夫、潘特杰尼、斯纳伊布和塞内布凯。当喜克索斯人扩张到上埃及时，阿拜多斯王朝就此终结。
第十六王朝（约公元前1650-1580年）统治着上埃及的底比斯地区。与第十五王朝的持续战争主导了短暂的第十六王朝。第十五王朝的军队从南方的敌人手中夺取一座又一座城镇，不断侵占第十六王朝的领土，并威胁着底比斯城。大约在公元前1580年，第十六王朝被喜克索斯第十五王朝的国王基扬（Khyan）征服后彻底崩溃。
第十七王朝（约公元前1571-1540年）是底比斯人在第十六王朝灭亡后迅速建立的。推翻喜克索斯人在底比斯的统治细节尚不清楚。第十七王朝经历了四个不同的统治家族，他们的最后一位国王都没有男性继承人。随后，其他强大的家族也拥立了国王，但他们的统治时间都很短。第十七王朝与第十五王朝维持了短暂的和平，但随着塞格嫩雷（ Seqenenre ，约公元前1549-1545年）的统治结束。塞格嫩雷统治期间发动了一系列针对喜克索斯人的战争。在其之后，卡摩斯国王（Kamose ，约公元前1545-1540年）继续对喜克索斯人发动战争，而他的兄弟阿赫摩斯一世（Ahmose I）最终给予喜克索斯人致命一击。
第二中间期末期，埃及第十八王朝建立。第十八王朝的第一位国王阿赫摩斯完成了对喜克索斯人的驱逐，巩固了其统治，统一了上下埃及。由此，阿赫摩斯开启了埃及繁荣的新时代——新王国时期。
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